毛细管电泳通常使用内径为25-100μm的弹性(聚酰亚胺)涂层熔融石英管。标准毛细管的外径为375μm，有些管的外径为160μm。毛细管的特点是：容积小(一根100cm×75μm管子的容积仅4.4μL);侧面/截面积比大，因而散热快、可承受高电场(100-1000V/cm);可使用自由溶液、凝胶等为支持介质;在溶液介质下能产生平面形状的电渗流。
由此，可使毛细管电泳具备如下优点：
(1)高效塔板数目在105-106片/m间，当采用CGE时
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毛细管电泳色谱图，塔板数目可达107片/m以上;
(2)快速一般在十几分钟内完成分离;
(3)微量进样所需的样品体积为nL级;
(4)多模式可根据需要选用不同的分离模式且仅需一台仪器;
(5)经济实验消耗不过几毫升缓冲溶液，维持费用很低;
(6)自动CE是目前自动化程度较高的分离方法。
毛细管电泳的缺点是：
(1)由于进样量少，因而制备能力差;
(2)由于毛细管直径小，使光路太短，用一些检测方法(如紫外吸收光谱法)时，灵敏度较低;
(3)电渗会因样品组成而变化，进而影响分离重现性。