气相色谱仪更换色谱柱时需要事先对色谱在进行清洗，清洗方法是对玻璃色谱住，先用重铬酸钾洗液浸泡，再用水冲洗干净，干燥后备用;对不锈钢色谱柱，可先用5—10%的氢氧化钠溶液浸泡后抽税再用水冲洗干净，干燥后备用;对调质色谱柱，可先用10%的盐酸浸泡后拙阮再用水冲洗干净，干燥后备用。
色谱柱在使用中间要更换固定相时，要先通风将柱中粉末碎屑吹去，再用有机溶剂和水清洗干净柱体，干燥后方可重新装填色谱柱。色谱柱如果取下暂时不用时，两端要密封，以免污染。此外，色谱柱的使用湿度不可超过固定掖的最高使用温度。