离心机的密封问题的处理是各大厂家积极改善的重要问题之一，因为离心机的密封直接影响离心效果、实验室安全以及离心机噪音等。
离心机腔盖(门)、转子盖及离心管帽等都装有不同粗细和大小的耐油橡胶O型密封圈，其作用是在抽真空过程中阻断大气的通道，使容器内保持所要求的真空或大气压状态。离心机离心腔门的密封圈在抽真空过程中，可防止外界大气压进入，使腔内保持一定的高度真空。离心机转子盖及离心管帽内的密封圈作用正好相反，是为了隔绝离心腔内的真空侵入，使离心机转子内的压力与大气压相同。如果离心机转子和管帽密封不好，样品就会外溢，直接影响实验结果，也会使用离心管内和转子内形成负压，以致管帽和转子盖难以打开，可见密封的重要作用。
密封圈上常会粘有灰尘等杂物，要经常注意及时擦拭并涂抹真空脂。橡皮圈怕热，不能加温，煮沸消毒会使密封圈膨胀变形而破坏。密封圈受压变形在一定条件下可以恢复，但仍需要避免过大的压力。
一旦离心机离心腔的密封圈密封不好，真空泵会抽出大量带油雾的空气，油雾对人们的健康是有害的。