在实际操作中，偏正显微镜的上下偏振镜的振动方向要互相正交，或东西和南北方向，各自与目镜十字丝的横、纵向一致。有时只用一个下偏振镜来观测，必须确定下偏振镜的振动方向，因此操作时必须对偏振镜进行校正。
(1)目镜十字丝的检测
一般要检查目镜十字丝是否正交，以及是否与上下偏振镜振动方向一致，同时选一块解理极完全的黑云母，移至目镜十字丝的中心，将解理缝平行于十字丝的一根丝，记下载物台的刻度数，再转动物台使解理缝平行于另一十字丝，记下载物台的刻度数，两个刻度数之差为90°，说明十字丝正交。
(2)下偏振镜振动方向的确定和校正
一般用黑云母来检查下偏振镜的振动方向，这是因为黑云母是一种分布广泛的透明矿物，在单偏光下很有特征。首先找一块解理和清晰的黑云母，移至目镜十字丝中心，推出上偏光镜，转动载物台一周，观察黑云母颜色的变化，因为黑云母对解理方向的振动光吸收最强，所以使黑云母颜色达到最深时，解理缝的方向就是下偏光镜的振动方向。
(3)上下偏振镜正交的校正
下偏振镜的方向校正好之后，取下薄片，推人上偏振镜，观察视域是否全黑即是否处于消光状态。如果全黑，则表明上下偏光的振动方向互相正交。否则，上偏振镜须进行校正，即转动上偏振镜，使视域达到最暗为止。转动时必须先松开上偏振镜的止动螺丝，校正好后再拧紧。