超净工作台是为实验室工作提供无菌操作环境的设施，以保护实验免受外部环境的影响，同时为外部环境提供某些程度的保护以防污染并保护操作者。与简陋的无菌罩相比，超净台具有允许操作者自由活动，容易达到操作区的任何地方以及全性较高等优点。
(一)使用超净工作台使用前应用紫外灯照射30-40分钟，并检查操作区周围各种可开启的门窗处于工作时位置。操作最好在操作区的中心位置进行，在设计上，这是一个较安全的区域。在进行操作前应对实验材料有一个初步的认识，同时了解自已所使用的设备的性能及安全等级。严格执行实验室安全规程。特定病原在任何超净工作台中的使用必须进行安全性评估。如果实验材料会对周围环境造成环境污染，就应避免在无排气滤板的型号内使用，因为在流动空气中操作与散毒无异。任何先进的设备并不能保证实验的成功，动物检疫实验室超净工作台的使用是以无菌和避免交叉污染为目的，因此熟练的操作和明确的无菌要领是必不可少的。
(二)维护超净工作台是一台较精密的电气设备，对其进行经常性的保养和维护是非常重要的。首先要保持室内的干燥和清洁，潮湿的空气既会使制造材料锈蚀，还会影响电气电路的正常工作，潮湿空气还利于细菌、霉菌的生长。清洁的环境还可延长滤板的使用寿命。另外，定期对设备的清洁是正常使用的重要环节。清洁应包括使用前后的例行清洁和定期的处理。熏蒸时，应将所有缝隙完全密封，如操作口设有可移动挡板封盖的类型超净工作台，可用塑料薄膜密封。超净工作台的滤板和紫外杀菌灯都有标定的使用年限，应按期更换。
(三)原理超净工作台的洁净环境是在特定的空间内，洁净空气(进滤空气)按设定的方向流动而形成的。以气流方向来分，现有的超净工作台可分为垂直式，由内向外式以及侧向式。从操作质量和对环境的影响来考虑，以垂直式较优越。由供气滤板提供的洁净空气以一个特定的速度下降通过操作区，在大约操作区的中间分开，由前端空气吸入孔和后吸气窗吸走，在操作区下部前后部吸入的空气混合在一起，并由鼓风机泵入后正压区，在机器的上部，30%的气体通过排气滤板从顶部排出，大约70%的气体通过供氧滤板重新进入操作区。为补充排气口排出的空气，同体积的空气通过操作口从房间空气中得到补充。这些空气绝对不会进入操作区，只是形成一个空气屏障。
(四)调试所在的超净工作台出厂前都经过严格的测试，以保证正常的使用。但这并不是说，厂家的测试就能代替操作者使用前作必要的检验和调试。因为超净工作台所处的环境各异，只有经过适当的检验和调试，才能最大限度地发挥设备的作用。在调试前应为机器选定一个较好的环境。将其置于一间有空气消毒设施的无菌室是最好的，如果条件不具备，就应将机器安放于人员走动少、较清洁的房间中。调整各脚的高度，以保证稳妥和操作面的水平。超净工作台的供电应采用一条专门电路，以避免电路过载造成空气流速的改变。与简陋的无菌罩相比，超净台具有允许操作者自由活动，容易达到操作区的任何地方以及安紫外线杀菌灯和照明用日光灯是超净工作台的标准配置，鼓风机提供空气流动的动力，这些部件是否正常工作是一目了然的。最困难也是最重要的是检查空气滤板及其密封性，它直接关系到机器的正常使用。最简单的检查方法是营养琼脂平板法。新购买的和久置未用的超净工作台除用紫外灯等照射外，最好能进行熏蒸处理，然后在机器处于工作状态时在操作区的四角及中心位置各放一个打开的营养琼脂平板，两小时后盖上盖并置37℃培养箱中培养24小时，计算出菌落数。平均每个平皿菌落数必须少于0.5个。