在使用电磁流量计的时候，液体必须充满管道，也不允许液体内存有气泡。如果液体不充满管道：其一，流速的截面将与管道内截面不一致，造成计算体积流量值偏差；其二，不导电的气相层(或气泡)阻断了两电极之间的导体连接，法拉第定律的条件不满足，不能感应出与流量成正比的电动势。
如果液体没有充满管道，我们应如何使用电磁流量计正确的测量呢？从安装方面尽量选择安装在流体自下向上流动的垂直管道上。如必须安装在水平或倾斜的管道上时，则电磁流量计的测量管中心应低于管道中心，以保证测量管始终充满液体，并保证电极所在的平面与地面平行。控制流量的阀门应安装在电磁流量计的下游，以免产生气泡或不满管。从操作方面尽量避免由于电磁流量计上游的设备操作产生的气泡带入流量计，如关小泵吸口阀门，或者让液流暴露在空气中的下泄，而将空气带人液流中等。