酶标仪一般可分为单通道和多通道两种类型。
单通道酶标仪又可分为自动和手动两种。自动型的有x、y方向的机械驱动机构，可将微孔板上的小孔一个一个地依次送入光束下面检测。手动型的则靠手工移动微孔板来进行检测。
多通道酶标仪一般部是自动化型的，它设有多个光束和多个光电检测器。例如，12个通道的酶标仪设有12条光束或12个光源、12个检测器和12个放大器，在x方向的机械驱动机构的作用下，样品12个为一排被检测。多通道酶标仪的检测速度快，但其结构较为复杂，价格也较贵。