(1)在进样阀后加流路过滤器(0.5um烧结的不锈钢片)，挡住来源于样品和进样阀垫圈的微粒;在流路过滤器和分析柱之间加“保护柱”，可收集堵塞柱进口的来自样品的化学“垃圾”。保护柱是易耗品，实验室中应常备。
(2)色谱柱避免突然变化的高压肿击;色谱柱应在要求的pH位范围和柱温范围下使用，比使用不损坏柱的流动相;进样前应将样品进行必要的净化，以免进样后对色谱柱造成损伤。
(3)每次工作结束后，应使用溶剂冲洗色谱柱，样品成分不要残留在柱中。
(4)注意氯离子对不锈例的腐蚀，为此最好去除流动相中氯离子。
(5)以硅胶做基质制成的色谱杜在使用缓冲液后，须用0.1%乙酸水溶液洗涤;对氰基内基类色谱杠，不要使用高浓度的乙脂做流动相。
(6)如果色谱柱入口压力增高，或峰形异常，须清洗色谱柱，清洗后依然异常的，可取出柱入口端数毫米的固定相，或更换新的境料，以及更换新色谱柱。注意，色谱柱的清洗和取出固定相，一定至由专业技术人员操作，或在其指导厂进行。