数码显微镜的特点是将人的眼睛从光学镜头上解放出来，不仅可将显微结果进行保存、处理、分析、比较，还可进行存储及信息交换并打印，可加快检测的自动化进程。
(1)人们可以更方便地对着电脑屏幕观察而不是对着小小的目镜孔，内于所有结果都可以在电脑的显木器上见到，所以不单是使用显微镜的人，就算是身旁的人也能立时知道结果，为老师教学提供了方便。
(2)可减轻视力疲劳，大多数光学显微镜，观察久了，眼睛、颈部容易疲劳。而数码显微镜，采用显示器观测的方式，解决了视力、颈部的疲劳问题。
(3)数码显微镜在原光学显微镜的放大基础上进一步放大了观察物像，在显示屏上观察，图像的质量和观察效果都大大提高。
(4)利用图形处理软件，可将一个装片或一个组织的不同视点时可避免个体之间观察结论的差异。
(5)提高了实验效率，可节约大量时间和实验经费投入。