由于色谱柱的气流速度不大，因此与FAAS的联用可有三种方式：将色谱柱的气流直接引入FAAS的雾化室、燃烧器或火焰中。
(1)引入雾化室的方式。用一段细金属管和一个“T”，形接头将色谱柱的气流导入雾化辅助气流进入雾化室。这种连接方式的特点是：1)连接方式最为简单;2)色谱柱的气流被助燃气及燃气大量稀释，导致吸收信号变宽，降低灵敏度;3)该方法适用于含量高的试样的测定及灵敏度高的元素的分析。
(2)引入燃烧器的方式。为了克服上述方式引起吸收信号的变宽，可将色谱柱的气流直接引入燃烧器。方法是在燃烧器的底部或侧面打一小孔，焊接上一段金属毛细管，将色谱柱的气流由此毛细管导入燃烧器。此外，为防止分析成分的冷凝，可以加热色谱柱和原子化器之间的连接管。该法具有以下特点：可消除吸收信号变宽效应，提高分析灵敏度;2)由于来自色谱柱气流流速小，对火焰稳定性无影响。3)被分析成分易在连接管中沉积，加热连接管或使用不锈钢连接管或钽连接管时对烷基铅沉积较小，用氧化铝和二氧化硅连接管沉积严重。
(3)引入火焰的方式。将来自色谱柱的气流直接导入火焰。该法具有以下特点：1)避免了试样被气体稀释，降低了检出限;2)连接方式较为复杂。
总之，由于气相色谱分析仅限于易挥发和热稳定的化合物，因此气相色谱-FAAS联用的应用范围受到限制。液相色谱的联用可弥补这方面的不足。