萃取色谱的优点：
(1)比较容易选择合适的水相作为流动相，以便使萃取分离的最佳条件有效地用于萃取色谱分离;
(2)作固定相的萃取剂种类繁多，溶剂萃取用的各类萃取剂都可用于萃取色谱，并可获得良好的分离效果;
(3)用量比溶剂萃取少，一般不怕乳化现象，色谱柱可反复使用;
(4)相当于级数很高的多次萃取，分离效率高;
(5)操作简便，易于实现自动化。
其缺点在于：
(1)稳定性稍差、易变，吸附在支持体上的萃取剂逐渐从柱床上以一定速率渗漏到流动相中，影响色谱柱寿命;
(2)吸附容量较低，尤其当某些萃取剂与支持体之比过大时，柱效率明显下降;
(3)制备合适的色谱柱比较困难，具有高效能和再现性好的柱的制备比较麻烦。