色谱仪是完成色谱分离分析和制备的仪器装备。从用途上看，色谱仪大致可分为多功能实验室色谱仪;流程指示、控制用的流程控制色谱仪，又称工业色谱仪;制备色谱纯物质的小型或大型制备色谱仪。此外，还有用于特定分析方法或项目的专用色谱仪，如离子色谱仪、凝胶色谱仪等。根据色谱学基本原理设计的各种色谱仪器的基本流程和总体结构大同小异。图2-50是色谱仪基本流程和主要组成部分。
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一般色谱仪由5个部分组成：流动相供给和输送系统、进样装置、色谱柱及其恒温箱、检测器、色谱工作站。根据仪器各部分的结构和功能，前四个部分称为分析单元，最后一部分为控制显示及数据处理单元。样品的分离、检测都在分析单元的流动相流路系统中进行。现代色谱仪大多数由计算机控制，对进样、柱恒温箱、检测器工作条件及数据系统、程序系统(程序升温、梯度淋洗)进行控制，还可控制柱切换阀、组分收集、柱后反应等。
气相色谱仪和液相色谱仪基本流程和总体结构相同，主要区别在流动相的供输系统。气相色谱仪使用气体作流动相，一般用高压气瓶供气，气体传质速率高，仪器气路系统处在5X10^5Pa以下。高压液相色谱仪用液体作流动相，液体黏度大，传质速率低，因而采用高压输液泵送液，整机处在(30-350)X10^5Pa高压条件下工作。气相色谱和液相色谱分离及检测方式具有一定差别，色谱柱填料、检测器结构均有不同。气相色谱分离在气相下进行，色谱柱恒温箱在较高温度下工作，因而，温度控制精度要求高;液相色谱分离多数在室温下进行，柱恒温箱温度不高，也可不用恒温箱。两类色谱仪器的记录和数据处理系统相同。