毛细管柱的特点有：
(1)柱容量小。毛细管柱的容量很小，其固定液含量只有几毫克，比填充柱要少几十倍。由于液膜厚度薄，组分在固定相中的传质速率大大加快，有利于提高柱效和实现快速分析，但进样量必须很小。要把很微量的样品重复、定量地引入毛细管中进行定量分析，其操作技术比填充柱要困难得多，对仪器结构、性能的要求也严格得多。
(2)柱的渗透性好。柱的渗透性用渗透率BO来表示，它描述了流体通过柱时受到的阻力，也决定试样通过色谱柱在气相停留的时间。比较填充柱与毛细管柱的渗透率，两柱的BO相差两个数量级以上。毛细管柱的高渗透性决定了在其他因素相同情况下，柱长可比填充柱长得多，有的毛细管柱长可达百米左右。由于渗透性好，且毛细管柱的k'小，因而可采用高载气线速，以实现快速分析。
(3)总柱效高。从单位柱长的柱效看，毛细管柱和填充柱处于同一个数量级，但毛细管柱的长度比填充柱可长1-2个数量级，因此其总柱效比填充柱高得多。