AAS法的基体干扰，在火焰法中大量基体原子化使被测元素基态原子被冲淡(稀释)，降低被测元素吸收值。相对而言，石墨炉原子吸收法的基体干扰比火焰法更明显，这种干扰可能出现在升温各阶段，分析元素与共存物可以生成易挥发性化合物，也可以生成难挥发性化合物。易挥发性化合物的生成，使得在灰化阶段被测元素就出现挥发损失，难挥发性化合物的生成使得被测元素在高温下即使在原子化阶段都难以离解形成基态原子，大大降低了灵敏度。另外高浓度基体挥发出的气态分子、盐的微粒，产生分子吸收和光散射引起背景吸收，消除这种干扰的方法，是在FAAS中，在标准溶液中加入纯基体或分离基体;基体量不高时改用标准加入法。基体也可以用电解、沉淀分离，或用离子交换萃取被测元素，使其与基体分离。
消除GFAAS法中的基体干扰经常采用加入基体改进剂，其作用是：
(1)使基体转化为易挥发的化合物，被测元素形成较稳定的化合物以防止被测元素基态原子在灰化阶段损失和消除基体干扰。
(2)使基体形成难解离的化合物，并且降低被测元素原子化温度。