HG-AFS仪主要结构是由五部分组成：激发光源，原子化器，单色器，检测和控制系统，数据处理系统。
(1)激发光源。一般采用高性能(高强度)HCL激发出被测元素特征光(谱线)。
(2)石英(管)氢化物发生原子化器。有普通和屏蔽型两种。现今多采用屏蔽型的，以避免原子荧光猝灭。其作用是产生被测元素原子蒸气(氢化物气)和基态原子。
(3)单色器。色散型仪器用单色器。非色散型仪器只用滤光片作为分离复合光中被测元素分析线(谱线)。
(4)检测与控制系统。现在国内仪器采用日盲光电倍增管将光信号转变成电信号，输入调解器转入数据处理器内。控制系统借助PC机控制和调节光谱各部件工作，如向导，自动测量等。
(5)数据处理系统。通过计算机进行统计处理，输出测量结果(报告、打印等)。