不同公司不同的酶要求的反应体系与反应条件会有不同，PCR反应可参考该酶的产品说明上的反应体系与反应条件。一般的反应体系如：引物(50pmol/μl)各1μl反应终浓度:各1pmol/μl模板(约30ng/μl)1μl约30ngBuffer(10´,含Mg2+)5μl1´dNTPs(10mM)1μl0.2μM高温聚合酶(5U/μl)0.2～1μl1－5UddH2O总体积50μl
PCR反应参考程序：――――――――――――――――时间Step1预变性95-96℃3-8minStep2变性94℃50secStep3复性＊50secStep4延伸72℃＊Step52、3、4步骤循环（25次左右）；Step6延伸72℃10min4℃结束反应（4度长时间保温对PCR仪有较大损伤，一般不超过1小时便及时取出，绝对不允许过夜保温）。注：引物应该用专门的软件（如PrimerPremier）认真设计，注意两条引物的Tm值大致相等，GC含量较均一，引物自身以及之间不形成强的二级结构，特别是引物的3’端，引物不和模板其他位置形成强的配对（主要看引物3’端）。MgCl2浓度依不同的模板和引物而定。MgCl2的浓度对PCR结果影响很大。链霉菌的PCR因模板的GC含量高，可加DMSO（能降低复性温度）其浓度可在0~10%之间变化。模板为环形质粒时若一次没有扩增出来，可以考虑先用酶将其切成线性再作。对高GC含量的模板，预变性的时间也可适当延长，甚至先在沸水中煮5分种，然后迅速放入冰中。如果使用预变性温度高或时间长，一般要使用“热启动”，即在预变性后再加入酶，这样一是可以保护酶，二是可以避免低温时酶的非特异性扩增。现在的PCR仪一般都有“热盖”装置，可以代替原来使用的矿物油，避免PCR过程中水份蒸发到管盖上。复性温度依引物Tm值及引物与模板的匹配程度而定，提高复性温度可提高扩增的特异性，而当无扩增条带时，可适当降低复性温度。延伸时间可根据扩增区域的长度确定，扩增区域越长，延伸时间越长。不同的聚合酶的延伸速度不一样，具体看说明书，一般高保真聚合酶平均每分钟延伸600bp，普通Taq酶每分钟延伸1kb。根据不同需要使用不同的聚合酶，尤其当用于扩增表达的基因序列时，一定要使用高保真的酶，作普通的PCR验证时就可用普通Taq酶。以链霉菌或其他高GC含量的DNA作模板时，由于GC含量越高，模板和引物的二级结构越复杂，延伸和配对越难，PCR反应不好做，可以暂时（2003年7月－）用TaKaRa的LaTaq酶作普通的PCR，保真度不敢保证，但扩增效果很好。酶的用量可参考说明书，并不是越多越好。LATaq酶的GCbuffer往往能用于别的酶(如普通Taq酶或高保真酶probest)，使它们也能很容易地扩出高G+C的模板来。