超纯水机给水进入反渗透系统后分成两路，一路透过反渗透膜表面变成产水，另一路沿反渗透膜表面平行移动并逐渐浓缩，在这些浓缩的水流中包含了大量的盐分，甚至还有机物、胶体、微生物和细菌、病毒等。在反渗透系统正常运行时，超纯水机的给水/浓水流沿着反渗透膜表面以一定速度流动，这些污染物很难沉积下来，但是如果反渗透系统停止运行，这些污染物就会立即沉积在膜的表面，对膜元件造成污染。所以要在反渗透系统中设置自动冲洗系统，利用干净的水源对膜元件表面进行停运冲洗，以防止这些污染物的沉积。超纯水机的自动清洗功能为了防止被净化后的纯水二次被污染，可以保证纯水实现真正的纯水。防止一些沉淀物沉积在装置内部。