在柱内装有填料的色谱柱称为填充柱。它又可分为一般填充柱、微填充柱和填充毛细管柱。
(1)一般填充柱：指内径为2-6毫米内装颗粒填料的柱子。它能承受较大的样品负荷量，制作容易，能满足一般样品分析，所以这种柱子应用很普遍。但它有柱渗透性小，传质阻力大，柱不能过长，分离效能较低等缺点。
(2)微填充柱：指内径小于或等于1毫米的柱管，内填小颗粒填料的柱子。这种柱子柱效较高，样品负荷量小。但制作较困难。
(3)填充毛细管柱：将多孔性填料疏松地装入玻璃管中，然后，拉制成内径为0.25-0.50毫米的柱子就称为填充毛细管柱。这种柱子具有填充柱和毛细管柱一些共同的优点，如填充密度较小，柱效较高，分析速度较快等。适于多组份同系物、含氧化合物、氨基酸衍生物等的分析。