破碎是进行隔离或定性RNA、DNA、蛋白质和分析物的初期步骤。化学性和机械性(物理性)破碎法都可使用，但较多样品类型倾向使用化学性方法(例如：大肠杆菌及培养细胞)。然而，许多微生物、未受破坏之组织、固体标本如种子、或大型样品则不适用于化学性方法。针对这类有弹性的样品，便会使用根据磨碎、剪切、敲打和振荡为基础的机械/物理性方法。机械/物理性破碎方法有机械式均质机、手动均质、研磨、超声波破碎、混合碾磨机、涡旋机皆为常见的工具。这些样品处理的方法虽然每日广泛的使用，但未必被明确的了解。如同其它实验室内广泛使用的方法，这些方法经过研究人员的传承，很少去解释过程本身的意思。破碎和均质对实验的影响可能很小，但同时，所选择的工具与方法对实验结果亦可能有很大的影响。
可能的话，化学方法可能是首选的方法，例如:使用SDS裂解E.Coli，得到分离的质体，但此方法亦可能导致裂解液中有不需要的分子。化学方法对分离核酸是有效的，但使用去除剂和离液剂(detergentsandchaotropes)使蛋白质变性(denature)。相同的问题也发生在蛋白质纯化时，加入裂解酵素后，之后必须移除裂解酵素。若加入化学物质是不切实际且无法有效运作的话，则另一个方法便是使用机械式和物理式的破碎。
机械/物理方式的破碎样品包含研磨、剪切、敲打和震动。有时候，很难分辨不同力量的差别。为了简单起见，我们以使用的工具来分类。如超声波破碎仪、高压破碎仪、组织研磨机、组织搅拌机、机械式均质机、涡旋震荡器等。在这些工具和方法中，超声破破碎和高压破碎是目前比较先进方法，使用超声破碎和高压破碎进行样品处理既避免了化学方法会掺入不必要分子的不足，同时又能达到理想的破碎效果。事实上，美国BRANSON的超声波破碎仪在生物细胞破碎样品处理领域得到了广泛的应用，受到很多专家学者的好评。
理想的破碎法会是使用一个或多个方法来达到需要的结果。实际上分离亚细胞碎片可能第一步是使用剪刀切掉组织、接着使用手持式均质机研磨，最后使用超声波破碎仪分离。若任何一个步骤省略，将得到较低的结果。