本生灯是实验室中高温加热与灼烧灭菌工具。因其火焰温度较高，故灯具的材质必须使用耐热金属，其使用可以燃气混合空气进行燃烧。本生灯在使用时要特别注意安全：
1.本生灯所使用的燃料在室温时是气态，应特别注意管线的安全。
2.使用前必须检查所有开关是否在关闭的状态。确定所有的开关都在关闭的状态时，才能打开燃气的总开关。
3.本生灯不可先开气后才点火，应于无漏气情况下，点火后逐渐开气，遇燃气漏气时，须实时检修。使用时，先以火柴或点火枪等点火工具放在本生灯的顶端燃烧口处点火，接着打开本生灯的燃气开关至适当大小送出燃气，此时燃气即被点燃，若在3到5秒内未见燃气被点燃应立即关闭燃气开关，待十秒后再重复前述点火的动作，若仍未能点燃，可再重复点火程序。
4.通常燃气输送的管线过长时，初次点火较不易被点燃，因为此时燃气可能尚未送达本生灯处。燃气点燃时焰色应为黄红色，此时若火焰过大或过小都应立即调至适宜的程度。若在多次重复点火的动作后仍未能点燃，此时应仔细观察，若未闻到燃气味，代表燃气的供应有问题，应检查燃气开关是否正常或燃气是否用完。若闻到燃气味，则应检查是否空气开关未关闭、点火枪不正常或本生灯的出气口有堵塞的情形。待情况排除并且燃气味排除后才可再次点火。
5.燃气点燃后应接着打开空气开关。空气的送入可使燃烧变得较完全，此时火焰会渐呈蓝色。本生灯在使用时要注意火焰的调整，当空气量不够时，火焰会呈黄色，有时甚至会产生黑烟，此种黄色火焰不仅温度较低，而且因燃烧不完全，黄色焰区中的细小碳粒会附着在被加热物外壁上，要改善此现象只要增加空气的进入量，即可将火焰的焰色调到淡蓝色完全燃烧的状态，此时火焰温度在约焰高二分之一到三分之二的高度处温度最高，当空气的输入量适宜时，火焰的颜色会呈现完全的蓝色，而且燃烧的温度也会增高。
6.燃气不用时应立即关火。关闭燃气时宜先关闭空气开关再将燃气关上。
7.本生灯有火时，应随时都有人在旁边，不可任由本生灯燃烧而无人看管。实验结束时应先将总开关关上，再将管线内的燃气以本生灯点火烧光，以保证安全。
8.使用本生灯时，若不小心失火，应立即关闭燃气开关，再做其它抢救措施。
9.在使用本生灯时，遇风大或天冷时，不可将门窗紧闭，以免空气不足产生一氧化碳中毒。
10、在生物安全操作柜内禁止长时间使用酒精灯和火焰式的本生灯，因为持续燃烧所产生的热效应会干扰生物安全操作柜内的气体层流，且火焰热气会大大缩短HEPA高效滤层的寿命。