防潮
如果长期受潮，透镜很容易发霉，表面还会腐蚀，所以应在干燥环境下保存。在31℃时湿度不得大于80%，温度每升高3摄氏度，相对湿度要设法降低10%。
防尘
灰尘不仅会影响成像质量，而且灰尘中往往也带有含酸、碱等腐蚀性的尘粒，容易腐蚀镜面。而硬度大的尘粒还可能在擦拭镜头时在镜面上划出伤痕，损坏镜头。此外，灰尘掉进机械活动部分时容易造成机械部分转动不灵活，甚至损坏。
防高热
显微镜是山精密的机械和光学镜头组成的，由于各种材料热膨胀系数不同，所以显微镜不能在阳光了曝晒，也不能放在靠近火炉和暖气的地方。只能室内存放，其工作的温度范围一般为5～40℃。
防腐蚀
显微镜不能接触酸类和碱类物质。也不要与挥发性很强的化学药品及其它有害药品放在一起，以免腐蚀镜头。
防震
显微镜是精密仪器，剧烈的震动会造成精密度的降低。要轻拿轻放，搁置要平稳，使用时动作应轻柔。
擦拭
(1)光学镜头的擦拭
一般采用先吹，后刷，再擦拭的方法。吹，就是用吹气球(或用洗耳球)吹掉镜头表面的附着物。但不能用口直接吹气。吹不掉时，可用干净的专用清洁毛刷轻轻地刷。经上述两种方法处理后镜头表面仍有污物时，用擦镜纸稍蘸一点二甲苯轻轻擦拭。
如果发现镜头发霉长雾时，可用擦镜纸蘸少许无水酒精和乙醚的混合液擦拭，但液体不能太多，停留时间要短，以免渗入镜头内部造成腐蚀。
油镜头每次用过后要及时擦拭，先用干擦镜纸擦一两次，把大部分介质油去掉，再用二甲苯滴湿擦镜纸擦两次，最后再用干擦镜纸擦一次。
(2)机械装置的擦拭
机械装置如有污渍，可用干净的柔软细布擦拭;如果擦不掉，可用擦镜纸或细绸布蘸点一甲苯擦拭。应注意不能用酒精、乙醚等化学晶，以免腐蚀装置表面的油漆。