前面讲的是正立式显微镜的镜检方式，主要切片的观察。而倒置显微镜是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微镜观察。可是上述样品特点的限制，被检物体均放置在培养皿(或培养瓶)中，这样就要求倒置显微镜的物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。因此，物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，故称为"倒置显微镜"。工作距离的限制，倒置显微镜物镜的最大放大率为60X。一般研究用倒置显微镜都配置有4X、10X、20X、及40X相差物镜，因为倒置显微镜多用于无色透明的活体观察。如果用户有特殊需要，也可以选配其它附件，用来完成微分干涉、荧光及简易偏光等观察。目前倒置显微镜广泛应用于patch-clamp,transgeneICSI等领域。
体视显微镜(Stereomicroscope)体视显微镜又称"实体显微镜"或"解剖镜"，是一种具有正象立体感地目视仪器，被广泛地应用于生物学、医学、农林、工业及海洋生物各部门。它具有如下地特点：1.双目镜筒中的左右两光束不是平行，而是具有一定的夹角---体视角(一般为12度---15度)，因此成象具有三维立体感;2.象是直立的，便于操作和解剖，这是由于在目镜下方的棱镜把象倒转过来的缘故;3.虽然放大率不如常规显微镜，但其工作距离很长4.焦深大，便于观察被检物体的全层。5.视场直径大。目前体视镜的光学结构是：由一个共用的初级物镜，对物体成象后的两光束被两组中间物镜----变焦镜分开，并成一体视角再经各自的目镜成象，它的倍率变化是由改变中间镜组之间的距离而获得的，因此又称为"连续变倍体视显微镜"(Zoom-stereomicroscope)。随着应用的要求，目前体视镜可选配丰富的选购附件，如荧光，照相，摄象，冷光源等等。