HACCP体系的建立和有效实施，特别重要的是要得到企业最高管理者的重视和管理承诺。只有得到他的支持，HACCP体系的建立才有资源保证，才能得到有效实施。企业实施HACCP是由上而下的过程，各个部门中从负责人到车间操作人员都有相应的职责，因此，当企业的HACCP体系作为独立的质量保证体系运行时，在HACCP计划书中，最好应附上组织结构图，明确各部门职责和接口关系。
成立HACCP小组，确定内审员名单。HACCP小组负责HACCP体系的建立和实施。企业领导应赋予HACCP小组相应的职责和权限。HACCP小组应有多学科和多个部门的人员组成，并且小组成员应接受过HACCP及有关法规和标准知识的培训。企业可以请HACCP专家或外部咨询机构进行HACCP培训，指导HACCP小组进行体系策划和文件编写，以及指导如何付诸实施。同时也可以辅导企业进行认证前的准备。内审员可以参加外部HACCP内审员培训班的培训，也可由咨询机构培训，通过内审员考试，取得内审员资格证书。
文件编写是HACCP体系建立的重要阶段。HACCP小组负责SSOP计划、HACCP计划书、作业指导书以及记录表格等文件的编写。HACCP小组成立后，首先确定HACCP体系覆盖的产品及现场、GMP现状，对GMP进行完善和改进，以满足相关法规的要求。其次收集整理企业现行质量管理以及卫生控制情况。建立HACCP体系不是对企业原有管理模式的否定，而是将原来好的管理制度和卫生控制，揉和在HACCP体系文件中，将不好的方面进行规范和改进，以便规范管理。
书面的SSOP计划虽然不是HACCP的必备要素，但为了便于控制和管理，鼓励建立和使用书面的SSOP计划。SSOP计划应：描述企业使用的卫生程序；提出卫生程序的计划表；提供支持例行监测程序的基础；提前做好计划，确保及时采取纠正措施；确认问题发生的倾向，并防止问题的再次发生；确保每个人，从管理层到生产员工都理解卫生的概念；提供一个连续培训员工的工具；为购买者和检查者做出承诺；指导改善工厂的卫生操作和状况。HACCP小组在编写SSOP前应首先回顾工厂原有的卫生操作规程和车间卫生设施，对照GMP要求的八个关键卫生条件，看其是否全面和完善，然后加以整理和充实，以保证所有的操作和设施均符合强制性的良好操作规范（GMP）的要求。在编写SSOP过程中，对有卫生记录要求的地方，小组还应设计出一套具有可操作性的卫生记录表格。
在完成以上基础活动后，HACCP小组可以按以下步骤编制HACCP计划：产品描述、识别拟定用途、绘制流程图、流程图的现场确认、进行危害分析和制定预防控制措施、确定关键控制点（CCP）、为每个CCP建立关键限值和操作限值、对各个CCP建立监控系统、建立纠正措施程序、建立记录保持程序、建立验证程序。对每个步骤及程序的具体要求，在前面的系列文章中都有详细的讲述，在此不再重复。
HACCP体系文件从编写到定稿，期间可能要经过反复的讨论和修改，文件定稿发布前，最高管理者应签署发布令，文件一旦发布实施，就成为企业必须遵守的法规。在体系运行前，应对全体员工进行全面培训，以使每个人明确自己的职责和权限，特别是对卫生监控人员和关键控制点上的监控人员，要对他们进行监控方法、频率、纠正措施程序和记录等方面的培训。待体系运行一段时间后，可进行内审，以确定所建立的HACCP体系的适宜性、可操作性以及有效性。对内审时发现的不合格实施确认、整改及跟踪验证，达到持续改进的目的，同时为认证做好准备。