原理：
分子杂交(简称杂交,hybridization)是核酸研究中一项最基本的实验技术。
其基本原理就是应用核酸分子的变性和复性的性质,使来源不同的DNA(或RNA)片段,按碱基互补关系形成杂交双链分子(heteroduplex)。杂交双链可以在DNA与DNA链之间,也可在RNA与DNA链之间形成。核酸分子杂交是基因诊断的最基本的方法之一。
它的基本原理是：互补的DNA单链能够在一定条件下结合成双链，即能够进行杂交。这种结合是特异的，即严格按照碱基互补的原则进行，它不仅能在DNA和DNA之间进行，也能在DNA和RNA之间进行。因此，当用一段已知基因的核酸序列作出探针，与变性后的单链基因组DNA接触时，如果两者的碱基完全配对，它们即互补地结合成双链，从而表明被测基因组DNA中含有已知的基因序列。
由此可见，进行基因检测有两个必要条件，一是必需的特异的DNA探针;二是必需的基因组DNA。当两者都变性呈单链状态时，就能进行分子杂交。
分子杂交仪的选用：
分子杂交仪又称“分子杂交炉”或“分子杂交箱”根据不同实验的需要可以选择不同的规格型号的杂交仪。是现代实验室采用杂交技术的理想设备，可替代塑料杂交袋和水浴摇床，并避免杂交袋破损带来污染危险。杂交炉采用微机控温精确，炉内空气循环装置设计独特，升温速度快等特点。
广泛地使用于克隆基因的筛选、酶切图谱的制作、基因组中特定基因序列的定性、定量检测和疾病的诊断等方面。因而它不仅在分子生物学领域中具有广泛地应用,而且在临床诊断上的应用也日趋增多。
方法对比：
分子杂交方法杂交设备相同点优点Southern杂交电泳仪，电泳槽，塑料盆，真空烤箱，放射自显影盒，X-光片，杂交袋，硝酸纤维素滤膜或尼龙膜，滤纸。①都是应用复性动力学原理;②都必须有探针(probe)的存在。所谓探针就是用同位素或非同位素如荧光染料，生物素等标记的短片段特异DNA或RNA序列。检验物是DNA。Northern杂交电泳仪，电泳槽，塑料盆，真空烤箱，放射自显影盒，X-光片，杂交袋，硝酸纤维素膜或尼龙膜。检验物是RNA，而不是DNA。菌落原位杂交恒温烤箱，恒温水浴，台式高速离心机等。原位杂交可以确定探针的互补序列在胞内的空间位置。斑点杂交狭槽点样器，真空泵，恒温水浴，真空烤箱等。来分析DNA样品之间的同源性。Westernblotting杂交电泳仪，电泳槽，塑料盆，真空烤箱，放射自显影盒，X-光片，杂交袋，硝酸纤维素膜或尼龙膜①都是应用复性动力学原理;②都必须有探针(probe)的存在。所谓探针就是用同位素或非同位素如荧光染料，生物素等标记的短片段特异蛋白质。以亲和反应或免疫反应或结合反应测定蛋白质技术。