96孔板的选择除了根据具体的实验选择材料以及颜色外，底部形状也是一个很重要的差别。
目前常见的底部形状主要有三种：平底、U型底和V型底。
平底：底部读数平板与细胞培养用，折光率较低，适合用于上酶标仪读数。
U型底：折光率较高，方便加样、吸样、混匀等操作,也适用于不需上机读数、直接通过目测颜色深浅，可用于凝集。
V型底：精确吸取样品和储存样品。
当然还有半量型的等其他底部形状，但主要的还是以上三种。